• Bản triều bạn nghịch liệt truyện (本朝叛逆列傳), gồm: Một số cuộc nổi dậy chống nhà Nguyễn (Phan Bá Vành, Lê Văn Khôi, Cai Vàng, Cao Bá Quát,...), một số cuộc Cần Vương chống thực dân Pháp (Phan Đình Phùng, Nguyễn Thiện Thuật, Ngô Quang Huy,[lower-alpha 1] ...), và một số cuộc đàn áp nghĩa quân của Hoàng Cao Khải, Nguyễn Thân,...
• Tì bà quốc âm tân truyện (琵琶國音新傳), là bản diễn Nôm theo thể thơ lục bát vở Tì bà ký bằng chữ Hán của Cao Minh đời Minh (Trung Quốc).
• Tiên phả dịch lục (僊譜譯錄) chép sự tích Liễu Hạnh thờ ở đền An Thái, tỉnh Nam Định.

Các sách được ông hiệu đính gồm:

• Bút toán chỉ nam (筆算指南, sách hướng dẫn phương pháp dùng bút tính toán): Tác giả Nguyễn Cẩn (chữ Hán: 阮瑾, hoặc cũng được viết là 謹) viết năm 1909, gồm 5 Chương (Quyển 卷). Sách trình bày các phương pháp tính toán của phương Tây (vì vào thời ấy Việt Nam sử dụng công cụ tính toán là que tính và bàn tính để thực hiện các tính toán số học), nhưng thực ra nó bao gồm một loạt các chủ đề khá rộng đặc trưng của Toán học Trung Hoa và Toán học Việt Nam truyền thống.[lower-alpha 2][2]
• Truyện Kiều của Nguyễn Du, rồi xuất bản với tên Đoạn trường tân thanh.

Ngoài ra, ông còn đề tựa sách Tang thương ngẫu lục (Ghi chép tình cờ trong cuộc bể dâu) của Phạm Đình Hổ và Nguyễn Án,

Theo nhà nghiên cứu Nguyễn Quảng Tuân thì chỉ với bản hiệu đính này, ông đáng được xem là nhà khảo chứng văn bản học có uy tín trong văn học cận đại Việt Nam.[3]